Fra 2005 til 2013 ansat som overlæge ved urologisk afsnit, organkirurgisk afdeling, Regionshospitalet Viborg. Aktuelt ansat som overlæge ved urologisk afsnit, Ålborg Universitetshospital, ved siden af sit virke hos Capio Viborg.

Udover generelle kirurgiske og urologiske kompetencer er Morten Jønlers specielle interesse og virkeområde udredning og behandling af vandladnings-problemer (prostata), herunder udredning af kræft i prostata og andre kræftsygdomme i urinvejen. Desuden varetages medicinsk og kirurgisk behandling af impotens, vandladningsbesvær og sygdomme i penis og pung.